A partir de los años 90, la actividad ecoturística se extendió hacia atractivos naturales de la Selva, como cascadas, lagunas o contemplación de animales silvestres.
A partir de la experiencia de Lacanjá y Frontera Corozal, nuevas comunidades de diferentes orígenes empezaron a crear centros turísticos locales, apoyados principalmente por dependencias del Gobierno Federal. Cada uno de los centros ecoturísticos de la Selva tiene una historia particular, producto del entorno sociocultural y la diversidad étnica, la riqueza arqueológica e histórica.
En 1994, con el levantamiento del Ejército Zapatista de Liberación Nacional (EZLN), la afluencia turística cayó drásticamente y dichos centros prácticamente dejaron de operar, las organizaciones que los manejaban se desmembraron y quedaron en manos de pequeños grupos de familias.
Los centros más consolidados son manejados por organizaciones locales, los que están en manos de las comunidades son resultado de procesos más recientes. Por lo general, los centros son producto de iniciativas familiares, con algunas personas que se especializan en actividades como la preparación de alimentos, mantenimiento de infraestructura, guías y administración. Cabe señalar que en la mayoría persisten deficiencias en los servicios y cuidado del entorno
